В ходе тренировочной миссии Шепард подвергается усиленной тренировке с оружием Desert Eagle и снайперской винтовкой M40A1, что характерно для снайперской специализации.

Пути Шепарда и Фримена пересекаются лишь однажды — в комплексе "Лямбда" за мгновенье до прыжка учёного в Ксен. Однако, чтобы не вносить изменения в канонический сюжет Half-Life, встреча носит характер наблюдения за Фрименом. Если Шепард устремится в портал за учёным, то окажется в пустоте рядом с островом, где оказался Гордон, и начнёт падать. При этом возникает надпись: "Наблюдение остановлено: Субъект совершил попытку создания временного парадокса".

Вездесущий G-Man заинтересован Шепардом: еще до инцидента в Чёрной Месе его можно заметить в тренировочном лагере. Также он спасает Адриана из быстро заполняющейся кислотой комнаты, но позже предотвращает его эвакуацию вместе со оставшимися силами спецподразделения HECU. Ближе к финалу G-Man включает термоядерное устройство чёрных оперативников, отключенное Шепардом ранее, и тем самым уничтожает комплекс Чёрная Меса.

После финальной битвы G-Man, обеспокоенный проблемой свидетеля, помещает Шепарда в чёрное ничто, пояснив, что ему импонируют люди, способные "адаптироваться и выживать несмотря ни на что", как и он сам. Дальнейшая судьба Адриана Шепарда неизвестна.